敷金は全額戻ってくる
敷金は原則として、入居者（賃借人）の退去時（明渡し時）に全額返還するものです。退去時には入居時よりも物件が古くなっているのは当然です。
入居者の故意過失がないのに、それでも敷金返還の額を少なくするには、賃貸する側がそのように不動産賃貸借契約書で定めておくことが考えられます。ただし、必ず適切な方法でなければなりません。
「適正に」というのは、不動産賃貸借契約書の中に、賃借人が気づかないように契約内容を忍ばせておいたりしたものはだめだということです。場合によっては、そのような不動産賃貸借契約書は無効です。
実際問題として、「家主（賃貸人）が支払うべき費用を入居者（賃借人）が負担する。家主に有利な契約だけれども、それでも賃借人が支払うことを承諾する」ということを具体的に明示しておくことができるでしょうか。
要するに、普通に考える限り、賃貸人（家主）にそんなに有利な方法はないのです。家主が敷金返還の額を少なくする方法があるというのは、「理論上」の話と言った方がよいかもしれません。
もっとも、気前の良い賃借人もいるかもしれませんから、不動産賃貸借契約書作成の際に、試しに申し出てみるというのも一法でしょう。くれぐれもこの際、賃借人が勘違いしていないことをご確認ください。